涉外所得税常设机构如何判定？

问：假设日本总部派遣劳务人员在境内提供咨询并取得咨询收入，如果涉及特许权使用费，按咨询收入的10%纳税，如果总部在境内构成常设机构，要按咨询收入的25%纳税吗？是否能扣除费用，核定征收率？
如果仅是单纯的咨询劳务，是否构成常设机构才在境内纳税，不构成常设机构无需在境内纳税呢？
答：1、常设机构的认定《中华人民共和国政府和日本国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》第五条常设机构规定，缔约国一方企业通过雇员或其他人员在缔约国另一方提供的咨询劳务，除适用第七款规定的独立代理人以外，这些活动（为同一个项目或两个及两个以上相关联的项目）在任何12 个月中连续或累计超过六个月的，应认为在该缔约国另一方设有常设机构。
2、常设机构的缴纳《中华人民共和国政府和日本国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》第七条营业利润*9款规定，缔约国一方企业的利润应仅在该缔约国征税，但该企业通过设在缔约国另一方常设机构在该缔约国另一方进行营业的除外。如果该企业通过设在该缔约国另一方的常设机构在该缔约国另一方进行营业，其利润可以在该缔约国另一方征税，但应仅以属于该常设机构的利润为限。
第三款规定，确定常设机构的利润时，应当允许扣除其进行营业发生的各项费用，包括行政和一般管理费用，不论其发生于该常设机构所在国或者其他任何地方。如果总部在境内构成常设机构，则应按照如下规定进行处理：《中华人民共和国企业所得税法》第三条规定，……非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。
非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
第七条规定，企业所得税法第三条所称来源于中国境内、境外的所得，按照以下原则确定：（二）提供劳务所得，按照劳务发生地确定；第十九条 非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得，按照下列方法计算其应纳税所得额：（一）股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，以收入全额为应纳税所得额；（二）转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额；（三）其他所得，参照前两项规定的方法计算应纳税所得额。
因此，非居民企业在中国境内如何纳税取决于是否在中国境内设立机构场所，如果依协定的规定在中国境内构成常设机构的，即属于设立了机构场所，应由该境外企业依《非居民承包工程作业和提供劳务税收管理暂行办法》（国家税务总局令2009年第19号）的规定办理税务登记，接受税务管理并自行就来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，依25%的税率申报缴纳企业所得税，满足一定条件的由税务机关指定扣缴义务人扣缴税款。如果未构成常设机构的，但属于《企业所得税法》第十九条所规定的范围的，应依第三条第三款的规定缴纳10%（或依协定的税率）的预提所得税。
对劳务所得，应依劳务发生地原则确定是否为在境内提供所得，进而判断是否应在中国境内缴纳企业所得税，若劳务发生地在境外，则不纳企业所得税。