总分机构适用不同税率应该怎样汇算清缴？

问：总分机构适用不同税率应该怎样汇算清缴？还是继续适用国税发[2008]第28号文件吗？有没有更新的文件出台？是不是和预缴一样，计算出应纳税所得额之后，再按不同地区适用税率计算应纳税额？
答：根据《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）第二条规定，关于总分支机构适用不同税率时企业所得税款计算和缴纳问题。
预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。
除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部、国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。
第三条规定，关于预缴和年度汇算清缴时分支机构报送资料问题。
跨地区经营汇总纳税企业在进行企业所得税预缴和年度汇算清缴时，二级分支机构应向其所在地主管税务机关报送其本级及以下分支机构的生产经营情况，主管税务机关应对报送资料加强审核，并作为对二级分支机构计算分摊税款比例的三项指标和应分摊入库所得税税款进行查验核对的依据。