免税期被查增税款如何处罚？

问：某公司属新办企业2007年度享有所得税优惠政策且为最后一年，该2007年为赢利年度相关免税手续已由税务机关审批办理。2008年度不在享受优惠政策。2008年度税务机关对2007年度所得税检查时，查补增加了2007年度利润。现对查补利润的处理出现了多种意见：
1、根据国税发[1997]191号*9条第二款规定，在减免税期间查出的问题，属于盈利年度查增所得额部分，对减税企业、单位要按规定补税、罚款，对免税企业、单位可只作罚款处理。
2、根据《中华人民共和国税收征收管理法》（2001）及《实施细则》的规定，纳税人减免税必须经有权机关批准，减免税必须由纳税人提出申请，经主管税务机关批准后方可享受相应优惠政策。对纳税人未按税收政策如实计算税款、提出减免税申请的，查增的税款应补征税款并予处罚。
3、如果检查时尚处于规定的减免税申请、受理期限内（即在2007年检查出的），应允许公司继续对查增税款提出免税申请；但2008年已经过了减免税申请、受理期限，不符合"根据国税发[1997]191号*9条第二款规定，在减免税期间查出的问题，……"的规定，则应追征税款并进行处罚。
上述处理方式好象均有政策依据，但公司到底应该根据那些政策接受处罚呢？
答：根据《国家税务总局关于企业虚报亏损适用税法问题的通知》（国税函[2005]190号）文件规定：
一、虚报亏损的界定。企业虚报亏损是指企业在年度企业所得税纳税申报表中申报的亏损数额大于按税收规定计算出的亏损数额。
二、企业故意虚报亏损，在行为当年或相关年度造成不缴或少缴应纳税款的，适用《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》）第六十三条*9款规定。
三、企业依法享受免征企业所得税优惠年度或处于亏损年度发生虚报亏损行为，在行为当年或相关年度未造成不缴或少缴应纳税款的，适用《征管法》第六十四条*9款规定。
对您所说的企业查增的所得额属于"免税期间"，在行为当年或相关年度未造成不缴或少缴应纳税款的，适用《征管法》第六十四条*9款规定处罚，即：纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。