商贸公司租的楼房用于转租及联营应缴哪些税？

问：一家商贸公司从一家房产公司租了一栋三层楼的房子，租金约定好两年后支付。商贸公司把其中的三楼租给了另外一家公司经营电器（由电器公司另外办证经营），商贸公司在税务局代开了租赁发票给电器公司，租金已收。其中的二楼连营，由商贸公司出场地，其他的个体户来经营（但他们没有办证），按销售收入的5%来扣点，由公司统一收款，月底返95%给个体户。一楼租给另外的个体户，收取租金（他们也没有办证）统一用公司的证件来经营。且上述一、二楼的商家不能提供进货发票。请问这家商贸公司应缴纳哪些税？如何确定应纳税额？其中他没有支付房租给房地产公司，在所得税汇算时的没有成本来冲减利润，这如何处理？
答：商贸公司租三层的楼房联营、转租可能涉及增值税、营业税、城市维护建设税、教育费附加、印花税、企业所得税等。
增值税及附加税费
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则的规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳增值税。对商贸公司租三层的楼房部分用于联营，其联营收入涉及增值税应税收入的，以销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用（不包括收取的销项税额）为销售额，按适用税率计缴增值税。同时计缴随增值税附征的附加税费。对纳税人销售货物或者应税劳务的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额。
营业税及附加税费
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则的规定，商贸公司将租来的三层楼房转租，按向对方收取的全部价款和价外费用的5％，计算缴纳"租赁业"营业税，同时计缴随营业税附征的附加税费。纳税人提供应税劳务价格明显偏低而无正当理由的，主管税务机关有权按法规规定的顺序核定其营业额。
印花税
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》*9条的规定，在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人，都是印花税的纳税义务人，应当按照本条例法规缴纳印花税。
第二条规定，下列凭证为应纳税凭证：
1.购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
2.产权转移书据；
3.营业帐簿；
4.权利、许可证照；
5.经财政部确定征税的其他凭证。
第三条规定，纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
因此，商贸公司租三层的楼房联营、转租涉及上述所列举的应税凭证的，应按《印花税税目税率表》规定计税贴花。
企业所得税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
因此，商贸公司租三层的楼房联营、转租业务取得的收入按《中华人民共和国企业所得税法》的规定，计缴企业所得税，对于企业与取得收入有关的、合理的支出，必须以实际发生额据实扣除，所得税法强调实际发生扣除原则。
问题中商贸公司没有支付房地产公司房租，则在计算企业所得税时是不能扣除未发生的租金支出的。