转让已进入建筑物施工阶段的在建项目如何纳税？

问：自建的在建工程，缴纳土地出让金后取得土地使用权证，在该土地上建造厂房已完成（未粉刷装饰），厂房内已完成部分设备的安装，现被另一企业收购，土地使用权经土地局办了转移手续，厂房出售价和土地使用权转让收入都大于原始成本；设备及安装费略低于原始成本。这种情况取得的收入，涉及哪些流转税？是否有土地增值税问题？应纳税额如何计算？
（1）《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）规定，转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按"销售不动产"税目征收营业税。贵公司已完成建造的厂房转让过程涉及的流转税有营业税、城建税及附加。
①营业税——建筑业：计税价格×3%.其中：计税价格＝工程成本×（1＋成本利润率）÷（1－3%），成本利润率，由省、自治区、直辖市人民政府所属税务机关确定。
②营业税——销售不动产：厂房出售价和土地使用权转让收入5%全额计征。
③城建及附加：按实际缴纳的营业税计征。
（2）根据《中华人民共和国土地增值税条例》规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，应就其增值额缴纳土地增值税。纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条法规扣除项目金额后的余额，为增值额。在计算增值额时，减除取得土地使用权所支付的金额、开发土地及厂房的成本、费用、与转让房产有关的税金，均须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
（3）根据《中华人民共和国增值税暂行条例》、《国家税务总局关于印发的通知》（国税函发[1995]288号）、《财政部、国家税务总局关于旧货和旧机动车增值税政策的通知》（财税[2002]29号）几个文件的规定，贵公司对设备转让分不同情况缴纳增值税：
①如果属于同时具备国税函发[1995]288号三个限定条件的"使用过的其他属于货物的固定资产"即属于企业固定资产目录所列货物、企业按固定资产管理，并确已使用过的货物、销售价格不超过其原值的货物，那么暂免缴纳增值税；
②如果是不符合三个条件的使用过的固定资产，也不符合旧货概念的固定资产，即废旧物资，那么要按适用税率或征收率缴纳增值税；
③如果是不符合三个条件的使用过的固定资产，符合关于旧货的概念的，那么一律按4％的征收率减半增收增值税，不得抵扣进项税额。
（4）上述转让房地产及出售设备申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权依法调整。