代开发票收入，成本如何进行账务处理？

问：我公司将开展一项新业务，以包干价负责把一家出口生产企业的货物运输到越南（铁路运输）。对方要求我们开具运输发票，我公司到税务局代开，并把代开金额（包干价）作为收入，支付铁路部门的运杂费作为成本。代开发票时税务局代扣了营业税、个人所得税、城建税等。请问税务局代扣的税金我们应如何处理？我公司对收入、成本的处理是否正确？
答：依目前所见规范，税务方面需要区别你单位性质进行讨论。（1）如果是运输企业，则所述业务具有联运性质。《国家税务总局关于加强对货物运输业税收征收管理的通知》（国税发明电[2003]53号）规定，代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明的运费和其他价外收费，不得减除支付给其他联运合作方的运费。同时，《国家税务总局关于加强对货物运输业代开发票纳税人所得税征收管理的通知》（国税发明电[2004]56号）规定，从事运输业务的代开票纳税人取得的计征所得税的营业额，应作为独立的纳税项目单独列账核算，不得与其他经营收入统一核算。发生的与取得计征所得税营业额相关的支出，除因从事联运业务而支付给其他联运合作方的运费凭合法凭证准予在税前扣除外，其他不得在税前扣除。相关支出无法准确区分的，应按配比的原则进行划分。（2）如果是代理企业，则不应该按所述方式开具发票，而是直接以委托方名义办理相关铁路运输手续，将取得的铁路运输发票转交给委托方入账，而你单位只需要自开或者代开代理劳务费部分发票。
至于收入费用的核算问题，如果是按上述两种规范形式操作，则：（1）如果是联运，会计上应该将应付给铁路部门的运输费用核算为其他应收款（或其他应付款），应该由他们负担的流转税从中扣除。你单位只将属于自己分享的运输收入部分（包干收入减去支付给铁路部门的部分）核算为收入，将自身应承担的流转税即其他费用作为成本费用核算。（2）如果是代理企业，则会计上只将代理劳务收入核算为收入，而将代收应付的运费核算为其他应付款（或其他应收款）。
依上述分析，你单位基于实际操作方式的会计核算应该说没有大的问题，但问题（所述情况下）是所发生的代扣税金比较难处理，因为实际无法要求铁路运输部门负担，如果作为你单位的成本费用入账，恐怕税务上不允许全额税前扣除（如个税等）。建议你单位优化运作模式，以降低经营和纳税风险。