专业运输企业，所得税出现两种税率如何处理？

问：我们是某市一家专业运输、装卸企业，因不符合自开运输发票条件，发生运输业务时如对方要求开具运输发票就按规定程序向主管税务机关申请代开运输发票。
现在我们提出的问题是：税务机关鉴定我公司按收入总额的6%核定应纳税所得率计算征收企业所得税，代开发票按3.3%征收所得。我们公司每月将自开普通发票与代开运输发票的收入合并后按6%的应税所得率计算当月应缴所得税，然后减去代开发票时已缴的企业所得税，按差额申报当月所得税。
但是，税务机关不允许我们申报时抵扣代开发票时已缴的企业所得税，他们说是根据国家税务总局的规定，对核定征企业不准抵扣。
我们认为：国税发[2004]88号文所提到的不准抵扣是针对定期定额征收企业所得税方式的企业，年度终了不清算，并非针对核定应纳税所得率征收方式征收企业所得税的企业。
因为年度汇算清缴政策明确规定：查账征收和核定应纳税所得率两种征收方式的企业都必须进行汇算清缴，如果代开发票时已缴税款，不允许抵扣，对运输企业代开运输发票的这部分收入如何进行年度申报，一个专业运输企业，所得税出现两种税率如何处理？
因为存在以上问题，税务机关不允许我们年度申报，我们感到非常不解，特别向总局提出咨询，希望总局尽快给我们一个明确的答复。希望能给我们讲清楚不允许核定应税所得率征收方式企业抵扣代开发票已缴税款的原因，特别是对我们按收入总额核定征收企业所得税的企业，能正确核算收入，为什么运输行业不能抵扣代开运输发票已缴所得税？如果不能抵扣，如何填写企业年度纳税申报表？适用税率如何填写？如何进行账务处理？
答：关于货运发票开具问题。《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）规定，按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3．3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。据此，你单位实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。目前，税务机关在企业所得税采用定期定额征收只针对个体工商户，因此，企业纳税人预缴税款或年终进行汇算清缴时，应按规定填写《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（B类）》，在规定的纳税申报时限内报送主管税务机关。
《企业所得税核定征收办法》规定，对符合查账征收条件的纳税人，要及时调整征收方式，实行查账征收。据此，贵单位对税务机关确定的企业所得税征收方式、核定的应纳所得税额或应税所得率有异议的，应当提供合法、有效的相关证据，税务机关经核实认定后调整有异议的事项。