运费发票如何填写才能抵扣？

问：日前，某纺织有限责任公司采购员咨询，该公司是增值税一般纳税人，1999年投产，主要从事棉纱加工和布匹印染业务。2008年3月，该采购员从外地购进一批棉纱，并请当地一家联运公司负责运输。棉纱运回后，公司向联运公司支付了123922元运费，18588.24元建设基金和15490.2元的装卸费、保险费，合计158000.44元。为了结算方便，采购员与联运公司商定，在开具的运输发票上直接以“运杂费”的名义注明了全部费用158000.44元。公司财务人员随后将这笔运输费用申报抵扣进项税11060.03元（158000.44×7%）。而主管国税机关认为这笔“运杂费”不能进行进项税抵扣，要求企业转出已抵扣进项税11060.03元。请问，国家不是规定运费可以抵扣吗？为什么有正规发票却不让抵扣？
答：国家是有运费抵扣进项税相关规定，但是填写不规范的不能抵扣。
国家税务总局《关于调整增值税运输费用扣除率的通知》（财税[1998]114号）规定，增值税一般纳税人购进或销售货物支付的运输费用的扣除率为7%.国家税务总局《关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第二款规定，增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票，准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额，是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。按照此规定，该公司在向联运公司支付的费用中，只有运费和建设基金可以抵扣，装卸费、保险费等杂费是不能抵扣的，而该公司取得的运输发票上并未对这些费用分别注明，这种发票不能抵扣进项税额。
同时企业在办理税款抵扣时注意，国家税务总局《关于公路内河货物运输业统一发票增值税抵扣有关问题的公告》（国家税务总局公告[2006]2号）*9条规定，自2007年1月1日起，增值税一般纳税人购进或销售货物，取得的作为增值税扣税凭证的货运发票，必须是通过货运发票税控系统开具的新版货运发票。在申报抵扣时除报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质文件外，还要报送使用国家免费提供的软件录制的电子信息。电子信息比对不符的不允许抵扣。国家税务总局《关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]53号）规定，增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的*9个纳税申报期结束以前申报抵扣。运费发票超过抵扣时间的，也不能抵扣。