该企业应如何进行账务处理？

问：我公司前身是一家国有企业，从事液化气的批发零售业务。1996年，公司与某自然人共同投资举办了一家具有独立法人资格，独立纳税的合资子公司A，约定公司占A公司51%的股份，自然人占49%的股份，但因为公司当时资金困难，未能实际足额出资到位。所以，A公司实际是由自然人股东承包经营，每年上缴承包费。1999年国有企业改制，当地政府要求将A公司变更为公司下属的分公司（公司本身有几个分公司，由公司全额投资）。现在A分公司由公司统一汇总缴税，但A分公司仍上缴承包费（内部A分公司承包经营方式未变），去年地税检查时指出，既然是分公司何来承包费？请问这笔承包费以何名义入账可合理合法？在不改变企业现有状况的情况下，该如何合理进行账务处理？针对企业的这种特殊情况，是否有更好的解决办法？
答：这个问题里涉及法律、会计和税务三方面内容，需要分别分析理清。
法律方面：
（1）A公司最初是法人企业，虽然你公司未能足额出资到位，但从法律规定上说采取补救措施即补足出资后，仍不会影响其法律地位和正常的经营活动。至于内部权利划分，在不违背法律规定的前提下实行意思自治，即尊重合资各方约定。如果你公司确实无法补足出资，应该重新划分股权比例，修订A公司章程，进行公司登记及备案事项变更。
（2）至于是否承包经营，与企业属于子公司还是分公司以及是否收取承包经营费没有必然的对应关系。
（3）就问题所述情况分析看，自然人股东实际缴纳的所谓“承包费”极可能是特许权使用费，即在你公司未实际履行出资责任的情况下，你公司许可其以子公司名义经营特殊产品而收取的费用。
会计方面：
主要是看经济事项的经济实质，其法律实质尚在其次，而税法的规定也并不直接规范会计处理。所以需要看是否存在真实的投资关系，即有没有注入资金，如果实际投入了资金，则可以核算为投资收益，若未实际投入资金，则核算为特许权使用费收入。
税务方面：
对投资和承包经营有比较严格的规范。如《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）规定，双方签订承包、租赁合同（协议，下同），将企业或企业部分资产出包、租赁，出包、出租者向承包、承租方收取的承包费、租赁费（承租费，下同）按“服务业”税目征收营业税。
出包方收取的承包费凡同时符合以下三个条件的，属于企业内部分配行为，不征收营业税。
（1）承包方以出包方名义对外经营，由出包方承担相关的法律责任；
（2）承包方的经营收支全部纳入出包方的财务会计核算；
（3）出包方与承包方的利益分配以出包方的利润为基础。