根据《个人所得税法实施条例》第十四条的规定，劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，属于一次性收入的，以取得该项收入为一次；属于同一项目连续性收入的，以一个月内取得的收入为一次。

　　由于贵司支付给该施工人员的费用属于两个项目，故，分次支付的劳务费需要作为两次收入进行申报个人所得税。

　　另外，根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函发[1996]602号）第四条规定，关于劳务报酬所得“次”的法规个人所得税法实条例第二十一条法规“属于同一项目连续性收入的，以一个月内取得的收入为一次”，考虑属地管辖与时间划定有交叉的特殊情况，统一法规以县（含县级市、区）为一地，其管辖内的一个月内的劳务服务为一次；当月跨县地域的，则应分别计算。

　　综上，由于A项目地和B项目地跨区域，所以应在两地分别代扣代缴个人所得税。等到个人所得税汇算清缴时，再将两次收入并入到综合所得中进行汇算。