根据财税[2016]101号第五条第（二）项规定，企业实施股权激励，以实施股权激励的企业为个人所得税扣缴义务人。递延纳税期间，扣缴义务人应在每个纳税年度终了后向主管税务机关报告递延纳税有关情况。

　　故，母公司向子公司骨干人员进行股权激励，母公司为个人所得税扣缴义务人，应由母公司代扣代缴个人所得税。

　　另外，根据国家税务总局关于股权激励和技术入股所得税征管问题的公告》(国家税务总局公告2016年第62号第一条规定，上市公司实施股权激励，个人选择在不超过12个月期限内缴税的，上市公司应自股票期权行权、限制性股票解禁、股权奖励获得之次月15日内，向主管税务机关报送《上市公司股权激励个人所得税延期纳税备案表》。上市公司初次办理股权激励备案时，还应一并向主管税务机关报送股权激励计划、董事会或股东大会决议。

　　综上，母公司对子公司的员工做股权激励，应由实施股权激励企业即母公司作为扣缴义务人，向其机构所在地主管税务机关办理相关备案手续。

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　　相关规定：

　　《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》(财税[2016]101号)

　　五、配套管理措施

　　(二)企业实施股权激励或个人以技术成果投资入股，以实施股权激励或取得技术成果的企业为个人所得税扣缴义务人。递延纳税期间，扣缴义务人应在每个纳税年度终了后向主管税务机关报告递延纳税有关情况。

　　《国家税务总局关于股权激励和技术入股所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第62号）

　　一、关于个人所得税征管问题

　　（五）企业备案具体按以下规定执行：

　　2.上市公司实施股权激励，个人选择在不超过12个月期限内缴税的，上市公司应自股票期权行权、限制性股票解禁、股权奖励获得之次月15日内，向主管税务机关报送《上市公司股权激励个人所得税延期纳税备案表》（附件2）。上市公司初次办理股权激励备案时，还应一并向主管税务机关报送股权激励计划、董事会或股东大会决议。