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问题解答:
根据您的描述，在建工程中土地使用权转让，转让方涉及的税种有：增值税及附加税费，土地增值税，印花税，企业所得税;受让方涉及税种：契税、印花税三亚市政府将剩余部分土地出让成本直接返还给 B 公司，B 公司可能会涉及缴纳企业所得税的风险。符合财税[2011]70 号文件规定，企业从政府取得的资金才不缴纳企业所得税，根据您的描述，三亚市政府是否能够更改与 A 公司的合同，转而直接返还给 B 公司，建议贵司参考专项用途财政性资金的处理。
相关规定：
《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税[2011]70 号)
企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
(一)企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件;
(二)财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求;
(三)企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
二、根据实施条例第二十八条的规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
相关规定：
《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税[2011]70 号)
企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
(一)企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件;
(二)财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求;
(三)企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
二、根据实施条例第二十八条的规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
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