根据《印花税暂行条例》第二条的规定，货物运输合同需要缴纳印花税。而这里的货物运输合同包括民用航空、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同。贵司虽然与客户签订的是“服务协议”，但是在缴纳印花税时要区分，根据国税发[1991]155号的相关规定，只有货物运输的部分需要缴纳印花税，货运代理业务的部分不需要缴纳印花税。如果在合同中没有区分货物运输和代理业务的金额，应当就全部合同金额缴纳印花税。

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相关规定：

《印花税暂行条例》

第二条 下列凭证为应纳税凭证：

(一)购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证;

《印花税暂行条例施行细则》

第十七条 同一凭证，因载有两个或者两个以上经济事项而适用不同税目税率，如分别记载金额的，应分别计算应纳税额，相加后按合计税额贴花;如未分别记载金额的，按税率高的计税贴花。

《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发[1991]155 号)

十四、代理单位与委托单位签订的代理合同，是否属于应税凭证?

在代理业务中，代理单位与委托单位之间签订的委托代理合同，凡仅明确代理事项、权限和责任的，不属于应税凭证，不贴印花。