该员工因在主要工作城市拥有住房，上述因工作而发生的租房支出不得再享受个人所得税住房租金专项附加扣除政策。

根据国家税务总局公告 2018 年第 60 号《个人所得税专项附加扣除 200 问》第 69 问题提出，对于合租住房租金支出由签订租赁合同的承租人扣除。因此，合租租房的个人(非夫妻关系)，若都与出租方签署了规范租房合同，可根据租金定额标准各自扣除。

但是，根据国发[2018]41 号第六条的规定，纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出可以按照标准定额扣除。

据此，住房租金针对在主要工作城市没有住房发生的支出可以按照标准定额扣除。而贵司该员工在主要工作城市是有住房的并不是满足无住房条件，不得针对该房租支出享受专项附加扣除。

相关规定：

《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》(国发[2018]41 号)

第六章 住房租金

第十七条 纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，可以按照以下标准定额

扣除：

(一)直辖市、省会(首府)城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500 元;

(二)除第一项所列城市以外，市辖区户籍人口超过 100 万的城市，扣除标准为每月 1100 元;市辖区户籍人口不超过 100 万的城市，扣除标准为每月 800 元。纳税人的配偶在纳税人的主要工作城市有自有住房的，视同纳税人在主要工作城市有自有住房。市辖区户籍人口，以国家统计局公布的数据为准。

第十八条 本办法所称主要工作城市是指纳税人任职受雇的直辖市、计划单列市、副省级城市、

地级市(地区、州、盟)全部行政区域范围;纳税人无任职受雇单位的，为受理其综合所得汇算清缴的税务机关所在城市。夫妻双方主要工作城市相同的，只能由一方扣除住房租金支出。