四川省国家税务局、四川省地方税务局关于印发《四川省省内跨地区总分机构企业所得税征收管理暂行办法》的公告

四川省国家税务局、四川省地方税务局公告2014年第12号
2014-09-11
为加强四川省省内跨地区总分机构企业所得税征收管理，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）和《四川省财政厅、四川省国家税务局、四川省地方税务局、中国人民银行成都分行关于印发〈四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》（川财预〔2014〕62号）等有关规定，四川省国家税务局和四川省地方税务局联合制定了《四川省省内跨地区总分机构企业所得税征收管理暂行办法》。现予发布，自2014年1月1日起施行。
特此公告。
四川省国家税务局 四川省地方税务局
2014年9月11日
四川省省内跨地区总分机构企业所得税征收管理暂行办法
*9章　总 则
*9条　为加强省内跨地区总分机构企业所得税的征收管理，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例（以下简称《企业所得税法》）、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则（以下简称《征收管理法》）、《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）和《四川省财政厅、四川省国家税务局、四川省地方税务局、中国人民银行成都分行关于印发〈四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》（川财预〔2014〕62号）等有关规定，制定本办法。
第二条　居民企业的总机构和分支机构（设立在其他国家和地区的境外分支机构除外）均在四川省境内，且跨市（州）、扩权试点县（市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为省内跨地区总分机构企业（以下简称跨市县汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。
第三条　跨市县汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括跨市县汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
（二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指省财政厅定期将缴入省级国库的跨市县汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至市（州）、扩权试点县（市）国库。
第四条　总机构和具有主体生产经营职能的二级及三级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
二级、三级分支机构，是指跨市县汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
第五条　以下分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度为小型微利企业的，其分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）跨市县汇总纳税企业在其他国家和地区设立的不具有法人资格的分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（六）四级及四级以下分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
第二章　税款预缴和汇算清缴
第六条　跨市县汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，总机构就地办理缴库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照《四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》第二条第（六）项的规定执行。
第七条　企业所得税分月或者分季预缴，由总机构所在地主管税务机关具体核定。
跨市县汇总纳税企业应根据当期实际利润额，按照本办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴；在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，按照本办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
第八条　总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，分支机构所在地主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构所在地主管税务机关。
第九条　跨市县汇总纳税企业预缴申报时，总机构除报送企业所得税预缴申报表和企业当期财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）；分支机构除报送企业所得税预缴申报表外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。
在一个纳税年度内，二级分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）原则上只需要报送一次。
第十条　跨市县汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
跨市县汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
第十一条　跨市县汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、二级分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和二级分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；二级分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、二级分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和二级分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；三级分支机构报送企业所得税年度纳税申报表和经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。
分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
第十二条　按照本办法规定应就地分摊缴纳企业所得税的分支机构未按规定报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表，分支机构所在地主管税务机关应责令其限期改正，责令限期改正后仍未报送分配表的，按照《征收管理法》的有关规定予以处理。
第十三条　跨市县汇总纳税企业在同一县（市、区）设立多个分支机构的，可由企业申请，指定其中一个分支机构就同一县（市、区）的多个分支机构汇总申报缴纳企业所得税。
第三章　总分机构分摊税款的计算
第十四条　总机构按以下公式计算分摊税款：
总机构分摊税款=跨市县汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
第十五条　分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=跨市县汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
第十六条　总机构应将上年度各个二级分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额细化分摊到二级分支机构本身及三级分支机构（二级分支机构为县市区级分支机构的不再细化分摊）；四级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入三级分支机构。总机构应按照细化分摊后的上年度各个分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十七条第二、三款情形外，当年不作调整。
第十七条　总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非本办法第四条规定的二级、三级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
跨市县汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级、三级分支机构，并作为本企业二级、三级分支机构管理的，该分支机构不视同当年新设立的分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
跨市县汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构和二级、三级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级、三级分支机构，不视同当年新设立的分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
第十八条　本办法所称分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。其中，生产经营企业分支机构营业收入是指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。金融企业分支机构营业收入是指金融企业分支机构取得的利息、手续费、佣金等全部收入。保险企业分支机构营业收入是指保险企业分支机构取得的保费等全部收入。
本办法所称分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
本办法所称分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
本办法所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指依照国家统一会计制度规定核算的分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据。
一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整。
第十九条　对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十六条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十六条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
第二十条　分支机构所在地主管税务机关应根据经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）等，对其主管分支机构计算分摊税款比例的三个因素、计算的分摊税款比例和应分摊缴纳的所得税税款进行查验核对；对查验项目有异议的，应于收到汇总纳税企业分支机构所得税分配表后30日内向企业总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议，并附送相关数据资料。
总机构所在地主管税务机关必须于收到复核建议后30日内，对分摊税款的比例进行复核，作出调整或维持原比例的决定并说明理由，将复核结果函复分支机构所在地主管税务机关。分支机构所在地主管税务机关应执行总机构所在地主管税务机关的复核决定。
总机构所在地主管税务机关未在规定时间内复核并函复复核结果的，上级税务机关应对总机构所在地主管税务机关按照有关规定进行处理。
复核期间，分支机构应先按总机构确定的分摊比例申报缴纳税款。
第二十一条　跨市县汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多缴另一方（或几方）少缴税款的，其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。
第四章　日常管理
第二十二条　跨市县汇总纳税企业总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。
第二十三条　总机构应将其所有分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）信息报送所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编等。
分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报送所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编等。
上述备案信息发生变化的，除另有规定外，应在内容变化后30日内报总机构和分支机构所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
分支机构注销税务登记后15日内，总机构应将分支机构注销情况报所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
第二十四条　以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，应在预缴申报期内向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（或登记证书）的复印件、由总机构出具的二级及以下分支机构的有效证明和支持有效证明的相关材料（包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度、总机构出具的属于不具有主体生产经营职能的内部辅助性分支机构证明、总机构属于小型微利企业的说明等），证明其二级及以下分支机构身份。
第二十五条　以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，未按规定提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也未按规定提供本办法第二十四条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，经其主管税务机关责令限期改正后仍未提供上述资料的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
第二十六条　跨市县汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
（一）总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构；三级及以下分支机构发生的资产损失应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
（二）总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
（三）总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。
第二十七条　跨市县汇总纳税企业的所得税优惠事项，统一由总机构向其所在地主管税务机关办理。所得税优惠事项审批（备案）后，总机构应通知各二级分支机构，并由各二级分支机构书面告知其主管税务机关。
第二十八条　总机构所在地主管税务机关应加强对跨市县汇总纳税企业申报缴纳企业所得税的管理，可以对企业自行实施税务检查，也可以与二级、三级分支机构所在地主管税务机关联合实施税务检查。
总机构所在地主管税务机关应对查实项目按照《企业所得税法》的规定统一计算查增的应纳税所得额和应纳税额。
总机构应将查补所得税款（包括查补所得税款产生的滞纳金、罚款，下同）的50%按照本办法第十六条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括本办法第五条规定的分支机构）缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，总机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照《四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》第二条第（六）项的规定执行。
跨市县汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
第二十九条　二级分支机构所在地主管税务机关可以自行对其主管的二级分支机构及下属分支机构实施税务检查，对查实项目按照《企业所得税法》的规定自行计算查增的应纳税所得额和应纳税额。
计算查增的应纳税所得额时，应减除允许弥补的企业以前年度亏损。对于需由总机构统一计算的税前扣除项目，不得由分支机构自行计算调整。
二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构就地办理缴库；50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照《四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》第二条第（六）项的规定执行。
跨市县汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
第三十条　跨市县汇总纳税企业新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门一致。
第三十一条　跨市县汇总纳税企业不得核定征收企业所得税。
第五章　附 则
第三十二条　居民企业在四川境内既跨市（州）、扩权试点县（市）设立不具有法人资格分支机构，又在同一市（州）、县（市、区）内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理实行本办法。
各市（州）区域内跨县（市、区）汇总纳税企业（不含扩权试点县（市））所得税征收管理，可参照本办法执行。
第三十三条　本办法自2014年1月1日起施行。
《四川省国家税务局转发国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（川国税函〔2008〕79号）第三条同时废止。
关于《四川省国家税务局、四川省地方税务局关于印发的公告》的解读
为加强省内跨地区总分机构企业所得税的征收管理，根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）和《四川省财政厅、四川省国家税务局、四川省地方税务局、中国人民银行成都分行关于印发〈四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》（川财预〔2014〕62号）等文件精神，四川省国家税务局和四川省地方税务局联合制定了《四川省省内跨地区总分机构企业所得税征收管理暂行办法》（以下简称《管理办法》），并发布公告。现将《管理办法》的主要内容解读如下：
一、为什么要制定《管理办法》？
为贯彻落实《四川省财政厅、四川省国家税务局、四川省地方税务局、中国人民银行成都分行关于印发〈四川省跨地区总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》（川财预〔2014〕62号）中关于省内跨市县总分机构企业所得税分配及预算管理的相关规定，解决省内跨市县总分机构企业所得税分配及总、分支机构就地分摊缴纳企业所得税问题，加强总分机构企业所得税征收管理，特制定本《管理办法》。
二、如何把握《管理办法》的基本框架和主要内容？
《管理办法》共三十三条，分为总则、税款预缴和汇算清缴、总分机构分摊税款的计算、日常管理、附则等五部分。主要内容如下：
*9章：总则（共五条）。主要包括立法依据、适用范围、总体管理办法等规定。
第二章：税款预缴和汇算清缴（共八条）。主要包括税款分配基本原则，预缴申报和汇缴申报的内容，纳税人应报送的资料和纳税人未按规定报送分支机构所得税分配表的处理等。
第三章：总分机构分摊税款的计算（共八条）。概括了总机构、分支机构计算分摊税款的全过程，包括总机构计算公式、分支机构计算公式、分支机构分摊比例计算公式、分支机构“三因素”定义、总分机构不同税率情况下的计算和计算错误的处理，并对特定分支机构和地区间对分摊税款的争议处理做出规定。
第四章：日常管理（共十条）。主要包括税务登记信息沟通、挂靠机构处理、资产损失管理、税收优惠管理、税务检查（税款计算、分配、信息沟通）、总分机构主管税务机关划分、征收方式鉴定等。
第五章：附则（共两条）。包括授权条款、施行时间和废除文件。
三、哪些企业适用《管理办法》？
《管理办法》第二条规定：居民企业的总机构和分支机构（设立在其他国家和地区的境外分支机构除外）均在四川省境内，且跨市（州）、扩权试点县（市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为省内跨地区总分机构企业（以下简称跨市县汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。根据《管理办法》第二条和第三十二条*9款规定，凡是属于跨市县汇总纳税企业的，其总机构和所有具有主体生产经营职能的二级及三级分支机构，不论设立在四川省境内何处，均参与企业所得税分配，按照《管理办法》的规定就地分摊缴纳企业所得税。
四、哪些机构就地分摊缴纳企业所得税？哪些机构不就地分摊缴纳企业所得税？
（一）就地分摊缴纳企业所得税的机构。
《管理办法》第四条规定：总机构和具有主体生产经营职能的二级及三级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。二级、三级分支机构，是指跨市县汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。这是对二级、三级分支机构法律形式和运营特点的一般概括。
《管理办法》同时明确了一种视同二级分支机构的情形，属于二级分支机构特例。第十七条*9款规定：总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非本办法第四条规定的二级、三级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
（二）不就地分摊缴纳企业所得税的机构。
《管理办法》第五条明确了不就地分摊缴纳企业所得税的分支机构，具体包括：（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（2）上年度为小型微利企业的，其分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。（3）新设立的分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。（4）当年撤销的分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。（5）跨市县汇总纳税企业在其他国家和地区设立的不具有法人资格的分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（6）四级及四级以下分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
对新设立的分支机构，第十七条第二款、第三款明确了两种例外情形，即不视同新设分支机构的情形，主要考虑这些机构之前已经存在并已就地分摊缴纳税款，重组之后继续作为二级、三级分支机构管理的，按照实质重于形式的原则，不应作为新设分支机构，应该按规定继续计算分摊并就地缴纳税款。具体包括两种情形：（1）跨市县汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级、三级分支机构，并作为本企业二级、三级分支机构管理的，该分支机构不视同当年新设立的分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。（2）跨市县汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构和二级、三级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级、三级分支机构，不视同当年新设立的分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
五、季度预缴和汇算清缴时企业所得税如何分摊缴纳？
《管理办法》第六条是关于所得税分摊缴纳原则的规定，第十四条、第十五条、第十六条是关于所得税分摊税款的具体计算。在季度预缴和汇算清缴时，企业应纳所得税税款的50%由总机构分摊缴纳，总机构就地办理缴库或退库；另外50%由总机构按照参与分配的各个二级、三级分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三因素计算的分摊比例在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库。
六、分支机构计算分摊税款的三个因素如何确定？计算分摊税款的比例是否调整？
（一）“三因素”的确定。
《管理办法》第十六条规定，总机构应按照细化分摊后的上年度各个分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例。“三因素”细化分摊的方法是将各个二级分支机构“三因素”数据细化分摊到二级分支机构本身及三级分支机构。二级分支机构本身按照剔除三级分支机构三因素后剩余的三因素数据计算分摊比例。
第十八条细化了“三因素”的具体取值时间和具体内涵，即上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指依照国家统一会计制度规定核算的分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据。明确了“三因素”是会计核算数据，而不是《企业所得税法》规定的概念，不需要进行纳税调整，这样可以提高“三因素”的确定性，减少总、分支机构主管税务机关之间的分歧。
（二）分摊税款比例的调整。
第十六条规定，分支机构分摊比例按《管理办法》规定方法一经确定后，当年一般不作调整，即在当年预缴税款和汇算清缴时均采用同一分摊比例。针对上市公司等在首次预缴分摊时采用的“三因素”与其后经过注册会计师审计的“三因素”数据存在差异的情况，第十八条进一步说明，一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构“三因素”数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整，保证了年度内分摊比例的一致性。
同时，第十六条也针对个别情况规定了例外情形，即出现《管理办法》第五条第（四）项（当年撤销分支机构不再参与分摊）和第十七条第二、三款（企业因重组、合并、分立、管理层级变更等原因形成新分支机构不视同新设分支机构，参与分摊）情形，应重新计算分摊比例。考虑到这是例外情形，并不会对分配比例的一致性造成冲击。
七、查补所得税税款如何计算？如何在总、分机构之间进行分摊？
《管理办法》第二十八条、第二十九条明确：查补税款的计算应按照法人所得税制的要求进行，即按照《企业所得税法》的规定计算查增的应纳税所得额和应纳税额。总机构主管税务机关实施的税务检查，查补税款的50%按照《管理办法》第十六条规定计算的比例分摊给各分支机构缴纳；另外50%分摊给总机构缴纳。二级分支机构主管税务机关实施的税务检查，查补税款的50%分摊给总机构缴纳；另外50%分摊给该二级分支机构缴纳，没参与检查的其他二级分支机构不参与该查补税款的分配。
八、税收优惠如何办理？
《管理办法》第二十七条明确：企业所得税优惠事项，统一由总机构向其所在地主管税务机关办理。各分支机构不需要单独向其主管税务机关办理税收优惠事项。同时，为便于管理，又规定所得税优惠事项审批（备案）后，总机构应通知各二级分支机构，并由各二级分支机构书面告知其主管税务机关。
九、资产损失如何申报？
从兼顾所得税管理和减轻纳税人负担考虑，《管理办法》第二十六条明确：总机构及二级分支机构发生的资产损失由总机构和二级分支机构向其主管税务机关申报；三级及以下分支机构发生的资产损失不向三级分支机构主管税务机关申报，而是并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报；分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向其主管税务机关申报。
十、税务检查如何实施？
为避免多头检查，减轻纳税人负担，《管理办法》第二十八条、第二十九条规定：总机构和二级分支机构主管税务机关可以自行实施税务检查。因此，三级及以下分支机构主管税务机关除配合上级机关实施检查外，不得自行实施税务检查。
十一、挂靠分支机构如何处理？
为加强对挂靠分支机构的管理，《管理办法》第二十五条明确：未按规定提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也未按规定提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，经其主管税务机关责令限期改正后仍未提供上述资料的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
十二、纳税人分支机构较多，如何申报纳税？
为减轻纳税人负担，《管理办法》第十三条特别作出纳税人在同一县（市、区）设立多个分支机构的，可以指定其中一个分支机构就同一县（市、区）的多个分支机构汇总申报缴纳企业所得税的规定。
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