如何确定股权转让价格

某税务机关对辖区内A公司2012年发生的股权转让行为进行检查。A公司提供的股权转让协议显示，A公司持有B公司78.5%的股权，2012年末将其中的24%股权转让给C公司，转让价格为720万元。A公司认为，该股权为1股1元购进，1股1元转让，为平价转让，没有收益。
税务机关对该项股权成本进行核查时发现：A公司分别出资975万元、540万元、30万元、540万元收购B公司股权，合计2085万元（均为1股1元），占71.5%；又从关联方以1元的价格收购7%股权，合计占B公司78.5%股权。
税务机关认为，A公司不是平价转让。A公司股权转让收入为720万元，但股权转让成本不是720万元。股权转让成本计算方法如下：78.5%X＝2085×24%，解得X＝637.45（万元）。因此，A公司此次股权转让成本为637.45万元，股权转让收入为720万元，股权转让收益为82.55万元，应补缴企业所得税82.55×25%＝20.64（万元），并加收滞纳金。
A公司不明白，自己1股1元购进，1股1元转让，怎么会有收益呢？
税务机关解释说，A公司71.5%的股权确实是1股1元购进，但7%的股权不是1股1元购进，综合起来其78.5%的股权成本不到1股1元，因此其以1股1元的价格转让，必然会产生收益。A公司恍然大悟，最终认同了税务机关的处理并补缴了税款和滞纳金。
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