跨年度研发项目人工费用分配标准的确定

某税务师事务所受甲公司委托，对2013年研发费用专项审核。
甲公司为船舶制造业。2013年度发生的两个研发项目中，A项目于2012年10月取得市科技局确认书，研发期限2012年1月~2013年12月，预算总金额1500万元。C项目未向科技局申请确认。
审计人员查阅2012年度A、C研发项目资料，其预算金额分别为500万元、1500万元。“研发支出—费用化支出”明细账归集人工费500万元，包括研发人员工资、社会保险费和住房公积金。以预算金额比例计算，A、C项目应分配人工费用 125万元、375万元，占各项目预算的25%。在《研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》中，已剔除社会保险费和住房公积金。市国税局2012年企业所得税复审结论，A、C研发费用加计扣除无异常。审计人员初步判断，甲公司2012年归集和分配的人工费用，在审核2013年研发费用时可作参考。
甲公司2013年归集研发人员人工费用650万元，含社会保险费、住房公积金64万元。《财政部、国家税务总局关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70号）规定，从2013年1月1日起，企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为在职直接从事研发活动人员缴纳的社会保险费和住房公积金，可纳入税前加计扣除的研究开发费用范围。因此A项目按标准分配的社会保险费和住房公积金，税前加计扣除时不需纳税调整。
2013年A、C项目预算金额分别为1000万元、1500万元，占当年总预算的40%和60%。A、C项目应分配人工费用260万元、390万元，占各项目预算的26%.但“管理费用—研发费用”明细账上反映A、C人工费380万元、270万元，占预算的38%和18%。A项目分配人工费用差异数=380-260=120（万元）。财务人员解释，2013年人工费用分配标准由预算比例法调整为预算工时比例法。但企业未能提供A、C项目工时预算资料。注册税务师认为，2013年A项目享受加计扣除税收优惠，按会计处理一致性原则，2013年仍应按预算比例法分配人工费用，除非有确凿证据表明变更的分配方法更合理，否则将发生税务风险。管理层同意将A项目多分配的120万元纳税调整，税前加计扣除人工费用金额=260×50%=130（万元）。
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