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问题解答:
将个人持有的土地，厂房转让给自己投资的独资公司，是否缴纳土地增值税和个人所得税？
答：根据您的描述，将个人持有的土地及厂房转给个人独资企业，目前暂无可以不征或免征个人所得税的文件，因此应缴纳个人所得税；土地增值税如果是进行投资或无偿划转可以暂不征收土地增值税，但您投资的个人独资企业如果是房地产企业则不适用。
__________
相关规定：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）
第六条第八款财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
《关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2018〕57号）
四、单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。
五、上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。
《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第9号）
第三条第一款无偿划转房地产有关规定
（一）同一投资主体划转
同一投资主体内部所属企业之间无偿划转（调拨）房地产，不征收土地增值税。“同一投资主体内部所属企业之间”是指母公司与其全资子公司之间；同一公司所属全资子公司之间；自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间。
《关于印发《土地增值税等财产行为税政策执行问题处理意见》的通知》（渝财税〔2015〕93号）
（五）重庆市地方税务局2014年第9号公告执行口径
3.第三条第一款：“同一投资主体内部所属企业之间无偿划转（调拨）房地产，不征收土地增值税。”该款规定不适用于房地产开发企业。
答：根据您的描述，将个人持有的土地及厂房转给个人独资企业，目前暂无可以不征或免征个人所得税的文件，因此应缴纳个人所得税；土地增值税如果是进行投资或无偿划转可以暂不征收土地增值税，但您投资的个人独资企业如果是房地产企业则不适用。
__________
相关规定：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第707号）
第六条第八款财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。
《关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2018〕57号）
四、单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。
五、上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。
《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第9号）
第三条第一款无偿划转房地产有关规定
（一）同一投资主体划转
同一投资主体内部所属企业之间无偿划转（调拨）房地产，不征收土地增值税。“同一投资主体内部所属企业之间”是指母公司与其全资子公司之间；同一公司所属全资子公司之间；自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间。
《关于印发《土地增值税等财产行为税政策执行问题处理意见》的通知》（渝财税〔2015〕93号）
（五）重庆市地方税务局2014年第9号公告执行口径
3.第三条第一款：“同一投资主体内部所属企业之间无偿划转（调拨）房地产，不征收土地增值税。”该款规定不适用于房地产开发企业。
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