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问题解答:
答：根据增值税暂行条例第六条以及实施细则第十二条，增值税销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，而向购买方收取的赔偿金属于价外费用。您的情况是运输公司B提供服务，因为贵公司超期报关（货代A造成），造成货物滞留，B公司向贵公司收取赔偿金，这部分金额符合上面法律规定的增值税应税价外费用。对于B公司来说，应该并入运输服务销售额，计算缴纳增值税，同时给您开具专用发票。您取得专用发票上的进项税额可以抵扣。
________
相关规定：
《中华人民共和国增值税暂行条例（2017年修订）》（中华人民共和国国务院令第691号）
第六条销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》
第十二条条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
《中华人民共和国发票管理办法（2010年修订）》（中华人民共和国国务院令第587号）
第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
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相关规定：
《中华人民共和国增值税暂行条例（2017年修订）》（中华人民共和国国务院令第691号）
第六条销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》
第十二条条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
《中华人民共和国发票管理办法（2010年修订）》（中华人民共和国国务院令第587号）
第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
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